怪兽迪玛伽受到了宇宙而来的未知能量影响成为了暗剑迪玛伽！艾克斯由于未知能量的影响陷入危机，强行解除了与大地的融合后消失了……大地为了寻找艾克斯直接以肉身进入了危险的电脑空间！另一方面，在地球上出现了神秘的女人，与她手下的马格玛星人及夏普雷星人似乎在密谋着什么。大地是否能够找到艾克斯，抓住胜利的希望呢？