真嗣因为亲手杀了薰而深感自责。因为他是使徒才杀了他吗？因为薰自己希望死亡才动手的吗？自己是为了什么而搭乘EVA？大家都是在为了他人而战斗吗？各种各样的疑问充斥着真治的内心。丧失了自尊的明日香封闭起了自己的心灵。美里为了活下去而强行忽视年幼时的心灵创伤。她们究竟在希望着什么？丽也和自己心中的自己持续讨论着。元渡前来迎接了这样的她：“今天，你就是为了这个日子而存在的。”于是，人类的补完开始。