2、先知向墨菲斯和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 饰)简述了事情的发展，如果想要救出尼奥，就要去找一个叫火车人的家伙，但是这个家伙是法国人梅洛文基恩，与大家有仇。先知说塞拉弗可以带他们去找火车人。在车站里，尼奥见到了萨蒂的父母，他们也是程序。塞拉弗带着墨菲斯和崔妮蒂找打奥了火车人，但是火车人拒绝帮助并逃跑。

3、地铁到站，尼奥想趁帮人拎包的时候上车，但是火车人出现挡住了他，除非梅洛文基恩同意他离开才能离开。塞拉弗带着墨菲斯和崔妮蒂两人来到了梅洛文基恩的夜场，找他谈判。梅洛文基恩说可以拿先知的眼睛来换。于是三人不再废话，打斗过后，崔妮蒂用枪口对着梅洛的额头，梅洛只好同意带出尼奥。

4、又是一辆地铁进站，这次尼奥看到下来的是崔妮蒂，两人紧紧的拥抱在一起。开车回去的路上，尼奥提出要先见先知一面，很多事情想搞清楚。见到先知，先知说黑暗即将来临，因为史密斯的存在，他会威胁整个系统，尼奥必须消灭史密斯。尼奥刚走，史密斯就追了过来，先知让墨菲斯带着萨蒂先走，可惜没逃过史密斯的毒手。

5、史密斯接着找到了先知，先知仿佛已经知道了结果，坐在那边静静的等待着史密斯找上门来，史密斯果不其然，把先知复制成自己了。飞船上众人发现贝恩醒来，于是开始询问贝恩事情的经过，为什么只剩他一个幸存者，但是贝恩说他什么都记不得了。飞船继续在搜寻幸存者，终于找到了奈奥比一行人。

6、锡安的一会正在开会讨论战争形势，洛克指挥官报告说已经动员了一切可以动员的力量，在锡安的大门口和机器章鱼决一死战。接线员林克的妻子也做为志愿者留下来，准备对抗机器大军。而在前线，崇拜尼奥的小孩也在帮忙搬运弹药，因为机器会杀掉所有人的。

7、众人正在商量如何赶到锡安，尼奥进来，告诉大家，他准备去一趟机器城市。并且需要开走一艘飞船，船长认为尼奥疯了，但是奈奥比船长信任尼奥，把自己的飞船让尼奥开走。医生准备为贝恩治疗，被贝恩一刀杀害，因为所有的人都是贝恩害死的，他是间谍。崔妮蒂找到尼奥，准备和他同生共死。

8、两艘飞船，两个方向。汉默号起飞后，有人看到医生被害，而贝恩却不知所踪，墨菲斯知道他去了尼奥所在的飞船。而在尼奥这边，贝恩通过崔妮蒂要挟了尼奥，让尼奥没办法开枪，通过对话，尼奥确定了贝恩已经被特工史密斯(雨果·维文 饰)附身。经过艰苦的打斗，尼奥干掉了被史密斯附身的贝恩，但是尼奥的眼睛也被电伤。

9、在锡安，船长在做最后的战争动员，所有的机甲战士都要为保卫家园贡献力量。而这边，奈奥比驾驶着飞船正艰难的在管道里飞行，为了躲避机器乌贼的侦查，他们缩小了发动机功率，可惜，还是被乌贼发现了。而在锡安，形势越来越严峻了，钻头已经到达锡安，大家做好了战斗准备。

10、紧接着，钻孔就突然涌进来成千上万的机器章鱼，钻头也开始变形，在继续向着锡安更深处钻探。大家开始疯狂火力向机器章鱼倾斜，可惜的是机器章鱼越来越多。这边，步兵军团派出好多个肩扛导弹小组，终于炸掉了一个钻头。

11、洛克指挥官接到报告，汉默号正在快速的回到家里，于是下令，打开3号门。而汉默号正在尽力的摆脱后面的机器乌贼追兵，形势很紧张。奈奥比船长和墨菲斯配合默契，把飞船开的惊险万分。在3号门口，只剩船长一个人的机甲在坚持，可惜的是，机器乌贼实在太多了，船长也受了很重的伤，交待了一下要打开3号门让汉默号飞船进来便牺牲了。

12、汉默号终于冲进了3号门，进入船坞以后，汉默号发射了电磁脉冲，把进来的所有机器乌贼都干掉了。看着纷纷掉下的机器乌贼，大家忍不住欢呼起来。等奈奥比等几位船长见到洛克指挥官的时候，指挥官告诉他们，由于他们发射的电磁脉冲，现在船坞里所有的电器都失灵，机器乌贼大军即将全部冲进来。

13、议会于是召开询问，询问幸存的三位船长具体情况，墨菲斯和奈奥比船长都很坚定的相信尼奥会带给大家奇迹。尼奥这边，飞船终于飞到了机器之城，受到了机器的攻击。机器章鱼的数量也很多，尼奥决定从天空穿过机器的防御力量。

14、高空的太阳光芒四射，耀眼而美丽。在掉落的过程中，飞船必须重新启动，紧急时刻，虽然飞船重启成功，但是却撞上了建筑，很不幸的是，崔妮蒂被钢筋扎死了。而在锡安，钻头已经深入最后的聚居地了，形势真的危机万分。

15、尼奥找到了机器王，他和机器王谈判，让他进入矩阵去消灭史密斯，否则史密斯将占领机器之城。而尼奥的要求是和平，让机器章鱼放弃进攻锡安。在锡安的机器章鱼接收到机器王的信息，暂时停止了攻击。在机器王的面前，尼奥进入了矩阵。

16、很显然，现在的矩阵已经是史密斯的天下了，到处都是史密斯的复制体。史密斯和尼奥大的难分难解，从地面打到空中，从空中打到地面。地面被砸了一个大坑，在坑里面，尼奥被史密斯打趴下，然后被慢慢的复制成史密斯。

17、但是机器之城里，尼奥受到了强烈的能力加持，身上爆发出耀眼的光芒，就是这些光芒，让那些复制的史密斯也都变成了碎片，所有被附身的人都恢复了本体。机器王表示尼奥已经成功了，那么人类和机器的和平也将出现。

18、在锡安，机器章鱼们随着尼奥的成功，也如潮水般退去，锡安获得了和平，战争结束，锡安人民陷入狂欢之中。架构师来找先知，他们谈了很多，以后想离开的人们将可以自由的离开矩阵了。日出东方，红日似火，一切都充满着希望。