1、巨大文明产业崩溃后的一千年，被虫壳与硬瓷碎片覆盖的大地发出有毒瘴气，被称为腐海的森林渐渐扩大，威胁着没落的人类的生存。此时，娜乌西卡（风之谷的公主）在森林中收集东西，意外的发现王虫走过的路线。

2、娜乌西卡跟着自己发现的路线向前寻找发现了王虫刚褪下不久的壳，娜乌西卡为找到了完好的王虫壳而感到高兴，取下王虫壳的一个眼睛，然后周围开始飘落雪一样的虫粮树的袍子，娜乌西卡却在感叹，虽然很美可是在这腐海森林里，只要五分钟不戴面具人就会死亡。突然，娜乌西卡听到枪声，迅速循着枪声找去，发现了王虫正在追赶犹巴，犹巴是娜乌西卡曾经的老师，娜乌西卡奋力帮助犹巴逃离王虫的追捕。

3、娜乌西卡用烟雾弹和虫笛让王虫回到了森林，犹巴感到很惊讶。回到陆地，娜乌西卡亲切的和犹巴老师拥抱寒暄，娜乌西卡发现犹巴怀中的狐松鼠，狐松鼠因为不久前刚刚收到惊吓所以很凶的咬了娜乌西卡，但是娜乌西卡依然温柔的对待并和狐松鼠成为好伙伴，犹巴便把狐松鼠送给了娜乌西卡。犹巴询问大家的情况，娜乌西卡说，自己的父亲基尔已经不能御风飞行了。

4、娜乌西卡带犹巴回到风之谷，也就是娜乌西卡世代居住的国度。犹巴来到风之谷受到大家的热烈拥护。一位妇人抱着自己新出生不久的婴儿清犹巴取一个吉祥的名字，犹巴和基尔讲述自己一路的所见所闻，腐海不断扩大，又有两个国家灭亡。而风之谷不收腐海的毒气侵蚀是因为常年有风吹过风之谷，将毒气吹走。

5、基尔想请犹巴长住在风之谷，而祖奶奶说犹巴一直漂泊是命中注定，因为他一直在追寻腐海之谜，希望可以解救人类。天还未亮，下人米特来找娜乌西卡说风中夹杂着奇怪的味道，娜乌西卡马上起身前去查看。今天的风势和往常不同，娜乌西卡等人发现有一艘飞行船降落到这边，娜乌西卡抢救不及，飞船撞落在山崖上坠毁。娜乌西卡救下了拉丝黛儿。

6、拉丝黛儿是培吉特族的公主，已经身受重伤，请求娜乌西卡烧掉所有的货物，随后去世。此时，一只受伤牛虻向人们发起进攻，娜乌西卡利用风笛引导牛虻飞回森林，避免了一场灾难，受到大家的赞扬。随后人们在清理飞船残骸上的袍子，发现了一个火都烧不死的巨型的怪物。

7、犹巴怀疑，这个巨型的怪物就是培吉特地下被挖出来的旧世界的怪物，也就是曾经火之七日烧了全世界的怪物：巨神兵。突然，多鲁美奇亚的飞船入侵风之谷，娜乌西卡指挥大家速速逃离，娜乌西卡赶回家去就父亲，去到的时候基尔已遭毒手，娜乌西卡与入侵的士兵打斗。犹巴及时出现阻止了打斗。犹巴告诉娜乌西卡，忍一时之痛，等待时机反击，现在打起来全风之谷的人都会死，多鲁美奇亚的将军同意谈判，暂停战争。

8、多鲁美奇亚的将军库夏娜告诉风之谷的人们，他们来这里是为了整合边境各国，建设这片土地，呼吁大家加入他们，燃烧腐海的计划。大家都认为这是不可能的事情。祖奶奶出言阻止，说自古以来，很多人都想烧光腐海但是最后都失败，热的王虫发怒，导致国家毁灭。大家知道基尔陛下去世，群情激奋，娜乌西卡安慰大家，希望大家暂时照做，不希望再有人牺牲，大家伤心的安静下来。随后库夏娜带娜乌西卡在内的无名人质及船粮等回多鲁美奇亚。

9、犹巴决定先离开，等待时机再回来。临走去找娜乌西卡，来到娜乌西卡的秘密房间，房间里种的都是腐海里的植物，但是没有散发毒气，娜乌西卡发现只要水干净，有毒植物也不会散发毒气，所以受污染的是土，包括风之谷的土。娜乌西卡为即将关闭这里而伤心。临走前，娜乌西卡承诺几位爱戴自己的小孩，自己一定会回来的。

10、库夏娜的飞船在飞行时受到培吉特炮舰的袭击，飞船纷纷被击落，娜乌西卡和库夏娜所在的飞船也受到攻击即将坠落，趁此机会娜乌西卡带着米特等人逃出了飞船，飞到云层下面寻找被击落的承载货物的飞船，好救出其他风之谷的同伴。

11、娜乌西卡找到了载有同伴和货物的飞船，冒着生命危险摘下面具告诉船上的同伴，自己一定会救他们，燃起了同伴们求生的信心。两艘船都平安降落在水面上后，大家都很高兴，这时库夏娜举枪说自己不会感激救命之恩的，娜乌西卡告诉库夏娜不要轻举妄动，这里不是人类的世界，刚刚击沉的飞船已经引起虫群的骚动了，他们必须马上离开此处。

12、库夏娜开了枪，引来了数只王虫，娜乌西卡上前和王虫交涉，告诉王虫自己不是敌人。王虫感受到了娜乌西卡的善良纷纷离开。但是离开的王虫眼睛变红，大家很担心，不知道发生了什么。娜乌西卡拿出滑翔翼御风而飞，告诉米特一个小时如果自己不会来，大家就回风之谷去。娜乌西卡在飞行时碰巧救下被虫追杀的阿斯贝鲁，二人最后一起跌落进流沙里。

13、娜乌西卡醒来，发现在一个很奇妙的地方，阿斯贝鲁找来了娜乌西卡的滑翔翼，二人此时正在腐海的地下，这里空气十分干净。娜乌西卡在这片净土里十分陶醉，高兴的哭泣。阿斯贝鲁告诉娜乌西卡，拉丝黛儿是自己的亲生妹妹，渐渐的娜乌西卡与阿斯贝鲁成为朋友。二人发现，腐海的存在其实是为了净化被人们污染的水，而虫群则是在保护这片森林。

14、风之谷这边，库夏娜的手下克罗瓦托正在想办法让怪物复活。克罗托瓦得知库夏娜的飞船都被击落后在心中默默筹谋建立自己的一番事业。犹巴等人规劝库夏娜放弃现在的所作所为，但是库夏娜表示巨神兵已经复活就无法回头，她将自己的假肢给犹巴等人看，这是拜虫群所赐，所以她对腐海和虫抱有很强的敌对态度。此时，小孩子来报，之前的袍子没有清理干净，目前在散发毒气，克罗瓦托只能命令手下，除了枪，其他的东西归还风之谷的居民。

15、森林受污染的情况很严重，人们无奈，只能烧掉保护着风之谷水源的森林。娜乌西卡和阿斯贝鲁飞回到培吉特的时候发现了大量死去的虫，培吉特因为与多鲁美奇亚开战，已经变成一片废墟。培吉特的军人告诉他们今晚他们将去风之谷歼灭多鲁美奇亚军队。

16、娜乌西卡询问后得知，今晚他们将利用虫群进攻来毁灭风之谷，并且之前攻击培吉特的事情也是自己人所为，娜乌西卡请求他们住手，但是王虫一旦进攻就无法停止。娜乌西卡想要回风之谷去救自己的人民，阿斯贝鲁帮忙，二人都被抓住。

17、风之谷村民和多鲁美奇亚的士兵开战，克罗托瓦在指挥士兵时突然发现库夏娜没有死，只能放弃自己的小算盘。经过阿斯贝鲁的劝说，拉丝黛儿的母亲前来救出娜乌西卡，让她回风之谷通风报信。娜乌西卡正要飞走，发现所在的飞船受到了攻击，阿斯贝鲁拼死保护娜乌西卡安全离开。娜乌西卡想要御风飞行赶紧回到风之谷，但是飞行时受到攻击，米特和犹巴及时出现，救下娜乌西卡和培吉特的飞船。

18、库夏娜的军队和风之谷的村民的战争一触即发，开战前不久，库夏娜说，如果娜乌西卡活着回来，她想和娜乌西卡好好的谈一谈。但是由于风之谷的人质态度强硬，库夏娜决定释放人质，休整军队等待一个小时后进攻风之谷。而后，人们突然发现风停了，人们感到很奇怪，感觉到空气中充满了愤怒。

19、娜乌西卡飞回风之谷的途中，看到愤怒的王虫群正在全速向风之谷前进，娜乌西卡发现是有人在召唤王虫，娜乌西卡随后发现是有人利用一只受伤的小王虫引诱王虫聚集，娜乌西卡决定只要把小王虫还给王虫群，制止王虫的暴动。另一边，库夏娜已经开始向风之谷发动进攻，但看到风之谷的战舰回来，立刻停止了进攻，米特告诉大家虫群正在往这里赶来，大家应该赶快停止战争，到高处躲避。

20、娜乌西卡救下小王虫，小王虫因为惊吓过度十分愤怒的乱动，娜乌西卡拼命的阻止小王虫，渐渐的，小王虫冷静了下来，并谅解了娜乌西卡，娜乌西卡为小王虫的包容而感动。突然，娜乌西卡发现此时王虫群已经疯了似得冲向风之谷。

21、娜乌西卡用枪威胁刚刚搬运小王虫的人，要求他们送自己和小王虫回到虫群的前面，企图阻止虫群。此时，库夏娜带着复活的怪物前来企图进攻王虫群，但是怪物一直在腐化，只发动了两次进攻便死去了。此时娜乌西卡已经带领着小王虫来到虫群面前，娜乌西卡被激动的虫群撞飞。

22、做飞船赶来的犹巴和阿斯贝斯在空中发现，虫群的攻击色在逐渐的消失，王虫停止了进攻。众人发现娜乌西卡没有一丝生气的躺在虫群的中央，娜乌西卡用自己的生命平息了王虫的怒气，大家为她的死而伤心的哭泣。随后，王虫群一起为娜乌西卡治疗，救回了娜乌西卡。

23、孩子们告诉祖奶奶，娜乌西卡此时身穿一身蓝色的长袍走在像是金色草原一样的地上，祖奶奶突然想到那个传说：一人身穿蓝色长衣飘然降临在一片金色的大草原上，那人是拯救世界的存在。人们发现风又吹起来了，风之谷得救，虫群回到腐海，库夏娜回到自己的国度，人们开始重建被摧毁的家园，一切又变得美好起来。