《于无声处》老齐头经历了抗战、国共内战，为党放弃了很多、付出了所有的老元勋。以后，齐延志(李心敏 饰)和他人组建了新的家庭生活，得到了简短的美好。殊不知在汶隔中，齐延志被斗死一家人，在精神和身体上备受残害，却始终无法得到翻案，很多年后，组织认为给齐延志分配了个门卫当作赔偿。但是齐延志早就是心灰意冷，一意只想报仇。

1983年军工蓝鱼工程项目出现泄露案子，新成立没多久的国防安全行政机关总部责令J省安全行政机关查办。马小东以护卫干事的身份进到202厂内线技术侦查，碰到以前有一面之交的冯书雅，由于执行工作的需要，马小东放弃了这一段情感。中国安內外相互配合，一跃查获了特工机构。但是，帮助过马小东的技术工程师陈其乾(赵立新 饰)偶然神秘失踪，很可能被特工机构残害。

陈其乾在消失不久前刚和冯书雅结婚了。马小东对陈其乾的孩子承志的关怀触动了冯书雅，两个人组建了家庭生活。后来，承志出国上学回来后，冯书雅也成为了202厂高级工程师，担负军工大船工程项目子系统新项目。这时陈其乾死而复活，已成为了特工的他将承志、冯书雅卷进特工活动。马小东在国安分配下打进特工机构，在与往日朋友和特工机构的勾心斗角中，凭借着对国家与家庭的爱与忠诚，顺利完成了工作，维护了“小家庭”、保护了“大家”。