决斗学院的新学期开始了。决斗学院招待了学校的冠军(阿蒙)、(奥布赖恩)、(鳄鱼)、(教授·眼镜蛇)和「谜の男」(迷之男)为留学生，他们成为了新的同伴。另一方面，有少年能看到十代校舍屋上的精灵。那个少年就是「谜の男」约翰。眼镜蛇提议进行公开决斗。那个决斗就是十代VS约翰。约翰是使用很珍稀的怪兽宝玉兽的决斗者。