失意的十代彷徨在亚空间之中。而在他面前突然出现了一位神秘的海豚型宇宙人。在友好的宇宙人的指引下，十代与儿时自己所绘的、被海马公司带到宇宙中的绘图卡再会了。但它们已经被宇宙意志的力量所影响、进化成了真正的决斗卡片。十代通过与敌对的宇宙生物的决斗，在宇宙的深处获得了能量体——「NEO SPACE」的力量，并构思了如何让决斗怪兽们提高能力的新生卡组。