十代回到决斗学园后，一个月即将过去了。约翰、奥布赖恩、阿蒙、吉姆回到了各自的学校，翔、万丈目和礼搬去了蓝宿舍，新的学园生活开始了，但十代仍没有踏出红宿舍一步。就在此时，决斗系统突然发生了问题。不出现立体影像的卡开始陆续出现。为了查明原因的万丈目、明日香、还有藤原优介去了电脑室等地方调查。另一方面，十代收到发送者不明送来的手机，并且传来了某个信息。